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LC-MS/MS による タンパク質同定

In gel digestion 法を用いて目的サンプルをペプチドに断片化し、nano LC-MS/MS解析(検出された全てのピークを自動的にMS/MS)、Mascotサーチによるタンパク質同定を行います。
この解析システムでは、複数ペプチドの MS/MSデータを Mascot にて自動検索するため、タンパク質同定の信頼性は極めて高くなります。なお、データベース（最新の NCBInr [Protein] と dbEST [DNA] ）に登録されていない配列は、タンパク質同定ができませんので、あらかじめご了承下さい。※1

使用分析装置 ： MAGIC 2002 (Michrom Bioresources, Inc., USA)
　　　カラム = Magic C18 (0.1×50mm,Michrom Bioresources, Inc., USA)
　 Q-Tof 2 (Waters Micromass, UK)
推奨サンプル形体 ： ゲル片※2 (CBB染色, イミダゾール亜鉛染色, SYPRO Ruby, 銀染色※3)
必要サンプル量 ： 25 fmol以上 (テクニカルノート)

※1： データベースにてヒットしなかった場合には、MS/MSデータ(PKLファイル)を添付いたします。
また、LC-MS/MS からの de novo sequencing による配列決定 (5残基以上：\100,000, 5残基未満：\70,000) もオプションとしてご提供しておりますが、確実な配列決定はプロテインシークエンサーによるアミノ酸配列分析をおすすめいたします。
※2： まとめて処理可能なゲル片の量（1×8mm/レーン程度のバンドの場合）は、5レーン分程度までとなります（PVDF 膜でも分析可能です）。
※3： 質量分析に対応した銀染色方法である必要がございます。





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MALDI-TOF MS による PMF分析

In gel digestion 法を用いて目的サンプルをペプチドに断片化し、MALDI-TOF MS により断片化ペプチドの質量を測定、Mascotサーチによるタンパク質同定を行います(Peptide Mass Fingerprinting : PMF)。
LC-MS/MSと同様に、データベースには最新の NCBInr [Protein] を使用いたします。

使用分析装置 ： Voyager-DE STR (Applied Biosystems, USA)
推奨サンプル形体 ： ゲル片※1 (CBB染色, イミダゾール亜鉛染色, SYPRO Ruby, 銀染色※2)
必要サンプル量 ： 25 fmol以上 (テクニカルノート)

※1： まとめて処理可能なゲル片の量（1×8mm/レーン程度のバンドの場合）は、5レーン分程度までとなります（PVDF 膜からでも分析可能です）。
※2： 質量分析に対応した銀染色方法である必要がございます。

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