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LC-MS/MS |
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PMF (MALDI-TOF MS) 分析 |
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分析装置 |
Magic 2002 + Q-TOF2 |
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Voyager-DE STR |
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分析手順 |
１．トリプシンにてゲル内消化 |
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１．トリプシンにてゲル内消化 |
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２．nano LC にて分離濃縮した断片
ペプチドをMS/MS |
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２．断片ペプチドを精密質量分析 |
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３．ペプチドのMS/MS データをMascot
にてサーチ |
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３．ペプチド質量の組み合わせ
情報をMascot にてサーチ |
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長所 |
・ 混在する複数タンパク質の同定が可能 |
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・ 多検体処理が可能 |
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・ MS/MS データにて検索のため信頼性
の高い同定が可能 |
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・ 分析コストは LC-MS/MS より安価 |
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・ de novo sequencing が可能 |
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短所 |
・ 分析コストは PMF よりも高い |
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・ 混在する複数タンパク質の同定率は
低い |
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・ データベースに未登録の配列は同定
不能 |
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・ 検出ペプチド数が少ない場合（低分子
量タンパクなど）には同定困難 |
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・ データベースに未登録の配列は
同定不能 |
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適応例 |
・ 微量サンプルからの信頼性の高い
タンパク質同定 |
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・ 一次スクリーニング的なタンパク質
同定 |
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・ 複数タンパク質の混在するサンプル
からの分析 |
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・ 混在タンパク質の少ないサンプル
からの分析 |
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