アプロサイエンス　テクニカルノート：ACN fractionation

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　1. 分析条件


	Sample MALDI-TOF MS Mode Ionization Matrix	： 100 fmol Bovine Serum Albumin (BSA), 200 fmol Ovalbumin (OVA) , 　および 180 fmol Glycogen Phosphorylase (GPb) の CBB 染色ゲルを、　 In gel digestion 法 (参照：通常感度内部配列決定）に基づき　トリプシンを用いて酵素消化後、ZipTip C18（Millipore）に吸着させた。　溶出は、通常用いられる 50% アセトニトリルによる 1 段階溶出、もしくは　 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 70%, 90% の各アセトニトリル濃度による　 8 段階溶出で行い、各溶出液をプレートにスポットして自然乾燥させた後、　 MALDI-TOF MS による質量分析を行った。： Voyager-DE STR (Applied Biosystems, USA) ： Reflector ： Positive ： α-cyano-4-hydroxycinnamic acid (α-CHCA)

　2. 解析結果

(1) MS スペクトル (BSA)

(2) 各タンパク質におけるヒットペプチドと Coverage の比較

(3) 分画による OVA (200 fmol) のリン酸化ペプチドの検出

　3. 結論

ZipTip C18 からペプチド断片を 8 段階溶出させることで、ヒットペプチドと Coverage が大幅に向上した。

8 段階溶出を行うことで、1 段階溶出では弱いシグナルしか得られないようなペプチド断片が検出しやすくなった。
　① 含量の少ないペプチド断片
　② リン酸化ペプチドのようなイオン化効率の悪いペプチド断片

次のような場合に、8 段階溶出法は有効であると考えられる。
　① 修飾部位解析などの高い coverage が求められる分析
　② 検出可能な質量範囲の断片が少ない低分子量タンパク質などの分析
　③ ペプチドの回収が困難な膜タンパク質などの分析